差异表达基因视图

我们现在有 10,542 个基因的统计数据,因此在接 差异表达基因视  下来的步骤中,我们希望将结果缩小到感兴趣的基因。为此,我们创建了一个交互式复合视图,用户可以在其中选择基因进行进一步分析。如图  所示,我们在散点图中以对数刻度显示了倍数变化与 FDR 的关系。颜色表示 FDR 是否超过 0.01。

该组件允许您对

此外,我们还展示了一个交互式表格,其中包含结果 WhatsApp 数据 的详细信息(FDR、-log10(FDR)、p 值、基因名称)以及一个范围滑块,允许用户以交互方式过滤 logFC。例如,现在我们可以通过在散点图右上角框选基因,仅提取在肿瘤细胞中显著上调的基因。

图 :差异表达基因视图 — 显示了倍数变化与 FDR 的散点图以及 板拱 亚马逊:扩大阿拉斯加分销范围 门的 包含结果详细信息的表格。用户可以选择图中或表格中的基因,或使用范围滑块按倍数变化进行筛选

缩小了搜索范围后

让我们仔细看看与这些基因相关的生物过程。基因的相  似表达模式通常指向一个共同的功能。  为了找到具有相似表达模式的基因,我们对标准化的读取计数执行层次聚类,并将结果显示在层次聚类树中。为此,我们可以使用可以在 Hub 上找到的共享组件,即组件 层次聚类和热图。 您选择的数值列执行层次聚类,并显示根据聚类结果排序的热图。

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